Этот фермент образуется в костной ткани, печени, толстом и тонком кишечнике, плаценте, легочной ткани. Его повышенное количество указывает на беременность, повышенный обмен в костной ткани, нужный для быстрого роста, заживления переломов, а также при рахите и гиперпаратиреозе, заболевания костей (миеломная болезнь, остеогенная саркома, метастазы рака в кости), заболевания печени, инфекционный мононуклеоз.
Понижение уровня щелочной фосфатазы свидетельствует о гипотиреозе (гипофункция щитовидной железы), анемии, недостатке витамина С при цинге, витамина В12, цинка и магния, гипофосфатаземии.